1. 公司法人人格否认法理的法律效力，只适用于个案中的特定法律关系，而不具有普适性。它不是对公司法人人格的全盘否定，而是在具体个案中，公司法人人格不合目的性而需要否认其法人人格的场合。其效力不涉及该公司的其他法律关系，并且不影响该公司作为一个独立实体合法的继续存在。待公司消除股东的滥用行为后有恢复其法人机能，公司独立人格依然未法律所承认。

2. 公司法人人格否认法理以承认公司具有独立法人资格为前提。公司法人人格否认虽然具有否认法人人格的功能，但它是针对具有法人人格且人格被滥用的公司。若一公司未取得合法独立人格，它就不能行使法人的权利，其行为和后果将视为无效，也就不存在债权人要求股东就公司实体行为或债务直接承担责任，也不存在适用公司法人人格否认的必要。因为只有具有独立人格的法人才有公司独立人格被滥用的可能。因此，公司法人人格否认不是对法人人格独立原则的否认，而恰恰是对法人人格独立原则的恪守。

值得注意的是关于公司设立瑕疵问题。公司设立瑕疵是针对公司在设立时存在实体或程序的缺陷。对于此类公司是否具有法人人格应加以区分。

(1) 公司设立不能。公司在形式上已经完成登记行为，但是因为存在公司设立无效的法定事由，如：不到法定人数、缺少公司章程或章程存在违法记载事项等，此类公司经利害关系人申请，不具有法人人格。当股东滥用公司人格致人损失时，不适用公司法人人格否认法理，而由发起人负连带责任。

（2）公司设立虽有瑕疵，但可根据某些条件或既定事实对设立瑕疵的公司的人格予以承认。 当公司法人人格被滥用，就当然适用公司法人人格否认法理。

3. 公司法人人格否认法理是对法人人格被滥用后的一种事后规制。它通过追究法人人格滥用者的责任，对因滥用而无法在传统的法人制度框架内的合法权益者的一种救济，是对股东只负以出资额为限的有限责任在特定情形下的否定，使滥用公司人格者对公司债务负无限连带责任，以体现法律所要求的将利益和负担公平、合理的分配于当事人。

公司法人人格否认法理作为在特定情形下对股东有限责任的修正和维护，当公司法人人格与股东有限责任被滥用打破，它作为一种事后救济手段出现，是对公司、股东与债权人一种风险的与权利的平衡，实现了“矫正的公平”。