1、税收征管基础薄弱，税源监控水平较低。一是应税个体工商户家底很难弄清，纳税户数难于掌握。尽管工商部门和税务部门管理的出发点不尽相同，标准不尽一致，但一定范围内工商登记户数常常大于税务登记户数。何况工商部门对个体工商户也难以做到完全有效监管，从中便可知税收监控在数量上的潜力。经济越发达的地区，个体税收监控的潜力越大。二是生产经营规模难于掌握，“双定”定额的真实性差。在实行“批发代扣税”时期，当时的“双定”工作就已有这样的说法：“双定额”定到实际生产经营额的10%就闹，定到20%就跳，定到30%又闹又跳。取消批发代扣税后，税务部门对个体税收的征管似乎更缺乏有效的依托，“双定”难度越来越大，“双定”定额相对于经济发展呈现出总体下降趋势。 

    2、税收征管难度大，征收成本高，征管效益差。个体税收因个体工商业户数量庞大、税源零星分散、交易频繁、流动性强、开业停业变化快、不建立帐务或帐务不健全（含不公开真实帐务）、缺乏依法纳税意识、不懂法律，或善于利用法律、税收法制不健全千方百计少缴税款等特点，税收征管难度极大，相对于企业税收和税收收入而言，耗费的人力、财力、物力多，单位税收收入耗费的税收征收成本高，征管效益差。 

    3、征管力量薄弱，税收流失严重。尽管自1994年以来，全国税务人员增加了一倍多，目前号称百万税务大军，但相对于经济社会的快速发展而言，征管力量不足的矛盾依然十分严重。一方面，国税、地税分设，行政管理人员增加，有限的税收征管力量更加分散化，征管力量薄弱的矛盾更加突出，税收征管的力度（及时性、有效性）更加弱化，无法形成征管优势，税收流失更加严重化。另一方面，受部门利益（如收入目标考核、税收成本高低核算等）的驱使，在个体税收本身流失严重的情况下，国税、地税工作不协调对个体税收流失起到了推波助澜的作用。在征管力量薄弱（相对于个体经济发展和个体税收征管难度而言）的情况下，基本上放弃了部分个体税收征管，特别是集贸市场税收中的临时经营户的税收征管。 

    4、税收政策性强，实践中具体操作难度大。个体税收的税收优惠主要包括起征点、免税等。理论上，征与不征、征多与征少都体现了党和国家的经济社会政策，事关一定时期的社会经济发展目标的实现，事关社会经济可持续发展的实现。

    但在实际的个体税收征管工作中，对税收优惠政策的执行操作难度较大。一是税收优惠往往具备一定的条件限制，“应税”与“非税”（如自产农产品与非自产农产品、起征点等）临界点在实际工作中难于明显划分，优惠对象把握困难。二是随着个体工商户经营范围、经营规模的不断变化，税收优惠对象变更频繁，税务部门难于应对。并且，从非税收优惠对象变为税收优惠对象易；从税收优惠对象变为非税收优惠对象难。三税收优惠的执行，增加了对非税收优惠对象依法征收的难度。个体税收自身所固有的特点，更加加大了以上税收征管的难度。 

    5、发票使用、管理水平低，税控设备开发、应用水平差，税收征管还未建立起有效的制衡机制。由于发票在维持社会经济生活秩序中具有特殊的职能作用，发票理应成为税务机关据以加强税收征管(即“以票管税”)的重要手段；积极开发、推广、应用税控设施（如税控加油机、税控收款机、出租车计价器等）是世界各国和现代社会加强税收征管的有效措施和方向。从目前来看，随着“金税工程”的不断完善，税务部门除对增值税一般纳税人基本建立起以发票管理为纽带、以“金税工程”为依托的有效税收征管制衡机制外，因发票（增值税专用发票除外，下同）的职能作用尚未充分发挥出来，税控设施开发、应用水平差，税务机关尚未构建起对其他纳税人，尤其是个体工商户的税收征管制衡机制。

    一是广大消费者在购买商品、接受劳务服务过程中，尚未形成索取发票的习惯，发票使用还没有涵盖所有的社会经济领域及社会经济领域的各个环节，限制了发票的作用范围。二是假发票的泛滥成灾，严重冲击着规范、合法发票的使用，税收监控手段大大削弱。三是行政事业费收据不断侵蚀发票应用领域和其它不合法的收款凭据的不规范使用，扰乱了正常的发票管理、使用秩序。四是税务机关对发票的管理、使用监控不力，很难建立起有效的“以票管税”制衡机制。五是因设备成本高、技术水平低、推广使用缺乏良性制约机制等原因，拒绝安装、安装与使用相分离（税务机关没使用税控设备数据）、纳税人人为调控税控设备数据，制约了税控设备的功能，有效的税收征管制衡机制的建立任重道远。 

    6、税收征管力度难以到位，“费挤税”现象严重。从理论上讲，个体工商户依法缴纳的税收应当大于诸如经营场所的租赁费、工商管理费等。个体私营经济发展之初，受诸如“各级政府用减、免税来大力发展个体私营经济”等因素的干预，为后来形成“费大于税”的国民收入分配格局创造了机会。在个体工商户的经营支出中，经营场所租赁费支出普遍大于缴纳税收数额在1——10以上。

    相当部分地方，个体工商户就是缴纳的工商管理费、特殊行业经营许可费等，都大于所缴纳的税收数额。加之，从全国来看，个体税收的征管力度（人、财、物等税收资源的分配）总体上是受税收收入任务、税收征管效益调控的，个体税收由于税源零星、征收效益较低（均相对于企业税收而言），征管力度难以到位，“费大于税”的状况没能得到改善。从而造成现实生活中“费的增长快于税的增长”的“费挤税”的个体经济支出机制。 

    7、以“组织收入为中心”，地区间个体工商户税负呈现“畸轻畸重”。长期以来，税收工作始终坚持的是“以组织收入为中心”的指导思想，个体税收在实践中一直被作为国家总体税收的补充。一个地区个体税收征管的力度主要由该地区税收收入任务的大小和税源的多寡所左右，个体税收征管的力度与该地区经济社会发展水平的不发达程度事实上呈现出“正相关”的关系，落后地区因税源贫乏而个体税收征管力度往往大于发达地区个体税收征管力度；而在税收征管资源（人、财、物等税收资源）的分配上，各地一直向企业税收倾斜，个体税收征管力度往往小于企业税收。

    在实际税收征管工作中，各级税务部门采取“抓大（企业税收）放小（个体）税收”的组织收入策略，个体税收征管（力度、措施、办法、机制）得不到应有的强化和改观，个体税收征管的质量得不到提高，个体税收流失严重。由此造成现实经济生活中“企业（涉税犯罪企业除外）税收负担大于个体税收负担、落后地区个体税收负担高于发达地区个体税收负担”的不正常现象，不同地区、不同性质的经济主体长期在不公平的市场环境中竞争，税收调节收入、调节分配的职能被严重削弱。